Теперь была одна цель травли — заставить князя ученых и богословов выступить против Лютера и, тем самым, раздавить Лютера весом Эразмова авторитета. Но на это Эразм не согласен. Он предпочитает бегство, и в конце 1521 года переселяется в Базель. В Базеле ему жилось привольно и, пожалуй, даже счастливо, несмотря на все бури, бушевавшие вокруг. Реформацию, неуклонно подвигавшуюся вперед, Великую крестьянскую войну в Германии, войну в Италии. Здесь, укрытый от истошной брани врагов, он хладнокровно и трезво определил свою позицию в борьбе, которой положило начало выступление Лютера.
На первых порах он сочувствовал Лютеру всецело и, хотя от публичной поддержки уклонялся, считая, что это лишь обострит раздор, частным образом всячески его оправдывал. Потом, еще в Лувене, он пытался примирить враждующих, призывал обе стороны ко взаимной сдержанности, одновременно убеждаясь все яснее, что путь Лютера — не его путь, что если они и были союзниками, то лишь временными. И уже в Базеле, не под чужим давлением, а по собственному почину, по внутренней потребности, он отмежевался от Лютера до конца («О свободе воли», 1524).
Но это не заставило его присоединиться к лагерю обскурантов и заядлых папистов. Свои убеждения он сохранил нетронутыми и продолжал высказывать их до конца жизни, подставляя себя под огонь обоих лагерей. Базельский период длился до 1529 года, когда сторонники реформы взяли верх. И снова, как когда-то в Лувене, Эразм вынужден бежать, только на сей раз он спасает свою независимость от победивших реформаторов, которые, среди прочего, поспешили объявить присутствие на своих воскресных богослужениях обязательным.
13 апреля 1529 года он отплывает вверх по Рейну, цель его путешествия — город Фрейбург, находящийся под властью австрийских государей. Несмотря ни на что продолжает издавать и переводить отцов церкви и «языческих авторов», пишет богословские, нравоучительные, педагогические, учено-филологические и даже политические трактаты, составляет учебники.
В эти годы создана большая часть сборника «Разговоров запросто». К тем же годам относится и очень дорогая для ближайших к Эразму веков часть его наследия — парафразы (то есть развернутые пересказы-истолкования) книг Нового завета. Эразм оставался интеллектуальным образцом Европы. Бесчисленные друзья по-прежнему окружают его обожанием и заботами, нередко чрезмерными и потому тягостными. Не иссякает и поток писем. Светские и духовные государи наперебой осыпают его милостями, папа Павел III предлагает ему кардинальскую мантию.
Во Фрейбурге ему живется, пожалуй, еще спокойнее, чем в Базеле. Политические события почти не волнуют его больше — годы и болезни берут свое. Но ни старость, ни недуги не властны над неиссякаемою трудоспособностью этого человека — одна книга следует за другою «О раннем и достойном воспитании детей» (1529), «Изъяснение псалма XXII», «Рассуждение насчет войны с турками», «О приличии детских нравов» (1530), «Истолкование Символа веры», «О возлюбленном согласии в Церкви» (1533), «О приготовлении к смерти» (1534), «Экклезиаст, или Евангельский проповедник» (1535).