Захваченный в плен, Фома был возвращен в отцовский замок в Роккасекка и здесь заключен в башню, в которой находился более года. В дальнейшем семья, не пренебрегая никакими средствами, пыталась заставить сына отказаться от принятого решения. Заточению Фома подчинился со всем спокойствием, видимо, ему было не так важно, где размышлять — в башне или в келье. Только один раз он вышел из себя, ни раньше, ни позже он так не гневался. Есть сведения о том, что братья Фомы, желая совратить его с избранного пути, провели в принадлежавшую ему комнату красивую куртизанку, полагая, что он подвергнется искушению или будет скомпрометирован. Фома впал в неистовство, выхватил из камина тлеющее полено и стал им размахивать, угрожая поджечь замок. Перепуганная девица закричала и выбежала из комнаты. Он мог поджечь дом, но только с грохотом захлопнул дверь и, дважды ударив головней, начертал на ней большой крест. Успокоившись, он бросил горящее полено в огонь.
После происшествия с головней и блудницей он, по преданию, видел во сне, что два ангела оскопили его огненной веревкой Это было ужасно больно, но дало ему огромную силу, и он проснулся от своего крика. Нетрудно проанализировать этот сон и свести его к деталям прошлого веревка монашеских одеяний, огонь головни. Но сон святого Фомы стал явью. Святой и впрямь исключительно мало интересовался этой стороной жизни. Во всяком случае, у Фомы было очень мало искушений. Тут дело не в добродетели, которая всегда связана с волей. Ему не нужно было противоядие, ибо он не ведал этой отравы. Многое объяснить трудно, это — тайны благодати, но, вероятно, есть истина и в идее сублимации. Все это просто сгорало в горниле его ума.
Мать, видя, что сын не изменил решения, смирилась с судьбой, и Фома летом 1245 года получил свободу, а осенью того же года отправился наконец в Париж.
Во время пребывания в Парижском университете (1245–1248) он слушал лекции Альберта из Кельна, позже прозванного Альбертом Великим, который оказал на Фому огромное влияние.
В1248 году Фома вместе с Альбертом отправляется в Кельн с целью организации там Studium generale — центра по изучению теологии. Здесь будущий создатель томистской философии обучается под руководством своего наставника в течение последующих четырех лет. Фома был медлительный, очень кроткий и великодушный, но не слишком общительный. Товарищи прозвали его Немым Быком. В довершение, отличаясь от всех других высоким ростом, чрезмерной полнотой и неповоротливостью, он получил кличку Сицилийский Бык, хотя родился не на Сицилии, а под Неаполем. Он любил книги, он ими жил; вероятно, предпочел бы сотню книг об Аристотеле всем сокровищам на свете. Когда его спросили, за что он больше всего благодарен Богу, Фома ответил: «Я понял каждую страницу, которую читал». Тем не менее Альберт Великий, разглядевший гениальные способности ученика, произнес пророческие слова: «Вы зовете его Немым Быком. Говорю вам, бык взревет так громко, что рев его оглушит мир».
После почти четырехлетнего пребывания в Кёльне Фома в 1252 году возвращается в Парижский университет, где последовательно проходит все ступени, необходимые для получения степени магистра теологии и лиценциата, после чего преподает в Париже теологию вплоть до 1259 года.