Ансельм Ланский поспешил запретить Абеляру чтение лекций по богословию и изгнал его из Лана. Таким образом, столкновение Абеляра с Ансельмом Ланским по богословским вопросам привело к тем же самым результатам, что и философские споры Абеляра с Гильомом из Шампо.
Возвратившись в 1113 году из Лана в Париж, Абеляр возобновил чтение лекций по философии, причем слава его как магистра «свободных искусств» росла с каждым днем.
В кафедральную школу Парижа, где он преподавал, с разных концов Европы стекались ученики стремившиеся приобрести философские знания под руководством проставленного учителя, и постепенно, как признается сам Абеляр, он начал считать себя «владыкою в области диалектики».
Так, в неустанных научных занятиях и в непрерывном общении с многочисленными учениками, Абеляр провел пять наиболее спокойных и обеспеченных лет своей жизни. Роман с Элоизой, поистине замечательной девушкой своего времени, отличавшейся не только красотой и умом, но и редкой для того времени образованностью, нарушил спокойную жизнь философа, а внезапный и трагический конец этого романа привел Абеляра и Элоизу в монастырь (в 1119 году).
Элоиза, племянница парижского каноника Фульбера в момент своей встречи с Абеляром, в это время уже прославленным магистром, была еще совсем юной. Полюбивший ее Абеляр поселился в доме Фульбера и стал учителем, а затем и возлюбленным Элоизы. Однако любви Элоизы к Абеляру пытался воспрепятствовать Фульбер. Тогда спасаясь от гнева Фульбера, Абеляр перевез Элоизу к своей сестре в Бретань, и там Элоиза родила сына.
Затем она возвратилась в Париж и, уступая настойчивым просьбам дяди, вступила в брак с Абеляром, обвенчавшись с ним в одной из парижских церквей Это событие, согласно договоренности Абеляра с Фульбером, должно было оставаться в тайне, по-видимому, для того, чтобы Абеляр мог беспрепятственно продолжать чтение лекций в кафедральной школе Парижа.
Однако Фульбер желая восстановить доброе имя Элоизы, нарушил договоренность и стал повсюду рассказывать о заключенном браке, гневаясь на племянницу, категорически это отрицавшую. Абеляр вновь увез Элоизу из дома Фульбера и поместил ее временно в женский монастырь Аржантейль, где она когда-то воспитывалась.
Фульбер решил, что Абеляр насильно постриг Элоизу в монахини и, подкупив наемных людей, приказал им изувечить Абеляра, оскопив его. Вступив в монастырь Сен-Дени и несколько оправившись от пережитого потрясения, Абеляр, побуждаемый, как он сам говорит, настойчивыми просьбами клириков, через некоторое время удалился в одну из келий, расположенных вне монастыря, и вновь приступил к чтению лекций по философии и богословию, привлекших, как и ранее, множество учеников.
Возобновившаяся преподавательская деятельность Абеляра возбудила волнение церкви, и против Абеляра выступили ученики Ансельма Ланского — Альберик Реймсский и Лотульф Ломбардский. К этому времени и Гильом из Шампо и Ансельм Ланский уже умерли.
Враги Абеляра обвиняли его в том, что, несмотря на вступление в монастырь, он не прекратил занятий философией, хотя это и не подобает монашескому званию, а также в том, что он осмелился читать лекции по богословию, не получив на это предварительного церковного разрешения.