Что же касается главного произведения Шанкары — комментария к «Брахма-сутрам», то с его созданием ведантисты связывают особую легенду.
В «Санкшепа-шанкара-виджае» говорится, что на втором году пребывания Шанкары у Говинды в этих краях началось сильное наводнение. После длительных ливней воды реки Нармады затопили селения всей округи и поднялись ко входу в пещеру, где учитель с учеником предавались размышлениям. Увидев это, Шанкара произнес специальное заклинание (мантру «на привлечение вод») и поставил на пороге свою чашу для сбора подаяния. Потоки воды тотчас устремились в небольшую чашу и вскоре исчезли в ней, а река снова вошла в берега. Тогда-то Говинда вспомнил о пророчестве Бадараяны, согласно которому лучшее толкование его текста суждено написать тому, кто сумеет укротить разбушевавшуюся реку. Получив благословение Говинды, Шанкара, как гласит ведантистская традиция, за четыре года создал комментарии ко всем произведениям «тройственного канона» к «Брахма-сутрам» Бадараяны, к «Бхагавадгите» и основным Упанишадам.
Агиографические легенды повествуют также о путешествии юного Шанкары на священную гору Кайласа, где ему впервые явился сам Шива в образе Дакшинамурти, то есть в ипостаси «подателя» высшего знания. Тогда же Шанкара совершил паломничество в Бенарес. На берегу Ганга — в Бенаресе и в древнем святилище Бадаринатха — он оставался до тех пор, пока из Кералы не пришло известие о тяжелой болезни матери. Вернувшись домой, Шанкара нашел мать умирающей. По жизнеописаниям «Брихат-шанкара-виджаи» и «Санкшепа-шанкара-виджаи», на смертном одре Шиватарака попросила сына утешить ее и рассеять напрасные страхи. По преданию, Шанкара попытался вначале рассказать ей о сущности адвайты, однако открывшаяся картина иллюзорного мира, опорой которого служит безличный Атман, лишь еще больше напугала несчастную женщину. И тогда юный аскет, отбросив на время высокую философию, начал петь матери гимны Шиве и Вишну, которые помогли ей с большей твердостью и спокойствием встретить смертный час.
Наконец, несмотря на то что обеты отшельника-саньясина в принципе не позволяли ему следовать обычной ритуальной практике, приличествующей единственному сыну (саньясин, как считалось, стоит за пределами мирских и родственных связей), он все же совершил необходимые погребальные обряды. Вскоре после смерти матери Шанкару постигло еще одно горе кончина учителя Говинды. Согласно большинству агиографий, Шанкара пришел проститься с Говиндой в сопровождении своего первого ученика — Падмапады. В последствии на одном из островов реки Нармады, там, где Шанкара отдал последний долг Говинде, был сооружен храм, ставший местом паломничества индуистов. С берегов Нармады Шанкара в сопровождении Падмапады и нескольких учеников Говинды, признавших в нем своего нового учителя (по ведантистской традиции, среди них был также Читсукха), отправился в знаменитый город Праягу.