В 523 году (датировка бургундского хрониста второй половины VI века Мария, из Аванша), то есть всего через год-полтора после своего назначения на высший пост, Боэций был обвинен в причастности к заговору.
Все началось с доноса на влиятельного сенатора и экс-консула Альбина входившего, вероятно, в круг общения Боэция. Королевский референдарий (главный осведомитель двора) Киприан доложил Теодориху о якобы имеющей место тайной переписке Альбина с византийским императором Юстином, сам факт и, по-видимому, содержание которой могли при тогдашних обстоятельствах рассматриваться как тягчайшие преступления государственная измена и «оскорбление величества». За доносом последовал суд «священного консистория», который состоялся в присутствии короля и всего сената в городе Вероне — второй резиденции Теодориха. Боэций выступил на суде в защиту Альбина и заявил, вероятно, о подложности писем. Боэций хотел взять Альбина на поруки. В ответ Киприан обвинил в заговоре против готов также и Боэция. Тот был арестован и отправлен в тюрьму в местечко Кальвенциано под Павией, где находился в заключении вплоть до своей казни.
Суд над философом был инсценирован. Его обвиняли, во-первых, в том, что, желая спасти сенат, он воспрепятствовал представлению «документов, которые свидетельствовали бы об оскорблении величества сенатом», во-вторых, в том, что он выражал надежду вернуть Риму утраченную свободу, а в-третьих — в святотатстве, в каком-то осквернении святынь или злоупотреблении магией. Мотивировка всех этих «преступлении» связывалась с философскими занятиями Боэция. Суд над Боэцием происходил в его отсутствии. Все три свидетеля обвинений (Василий, Опилион и Гауденций) были людьми Киприана. Защитников у Боэция на суде не было, за исключением одного Симмаха. Сенат предал своего заступника и, возможно, сам в соответствии с принятой процедурой вынес ему смертный приговор.
Симмаху не простили его поведения. Вскоре он тоже был арестован и казнен, войдя в историю как мученик за правду.
Казнь Боэция свершилась в 524-м (согласно Марию из Аванша) или в 526 году, как склонны считать некоторые современные исследователи, относящие и дату его ареста на более поздний срок (осень 525 года). Аноним Валуа рассказывает, что казни предшествовали тяжелые пытки. Вообще же гибель Боэция оставила глубокий след в памяти и его современников, и потомков. В области Павии уже в раннее средневековье возник своеобразный культ Боэция как мученика церкви.
Большую роль в распространении и поддержании славы Боэция как христианского мученика сыграло то, что он был автором теологических трактатов, и то, что, будучи заточен в тюрьму и оказавшись перед лицом неизбежной жестокой смерти, он нашел в себе мужество и святое вдохновение написать лучшую свою книгу — «Утешение Философией», прославляющую Бога и человеческое достоинство — ту, которую спустя много времени крупнейший историк XVIII века Эдуард Гиббон за ее никогда не устаревающее и сверкающее мыслью содержание справедливо назвал «золотой книгой».